روش تبدیل تصاویر ct scan به فرمت 3D و قابل نمایش در برنامه های Blender یا Meshlab

با سلام

//////////

پیش از شروع : جهت اموزش برنامه های ITK snap  و MeshLab میتوانند به ادرس های زیر در سایت یوتیوب youtube مراجعه نمایند :

ITK snap : https://www.youtube.com/channel/UCmjrCaGMtwwBXppAberTrjg/videos

Meshlab : https://www.youtube.com/user/MrPMeshLabTutorials/videos

\\\\\\\\\\

پیش از شروع مجموعه تصاویر سی تی اسکن خودتونو در یک فولدر قرار داده برنامه MRIconvert اجرا کنید :

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

همانگونه که از روی شکل مشخص شده با انتخاب add files میتوانید به پوشه مورد نظر رفته و تمامی تصاویر سی تی را انتخاب کرده و سپس ok را انتخاب نمایید. در قسمت پایین با انتخاب directory میتوانید مسیر فایل تبدیل شده را انتخاب نمائید، توجه کنید که فرمت فایل میبایستی همانند فرمت فایلی که در تصویر بالا انتخاب شده باشد سپس convert all را انتخاب کنید. فایل تبدیل شده بصورت زیر در پوشه ذخیره خواهد شد :

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

اکنون میتوانید برنامه ITK Snap را اجرا کنید و از منوی بالا فایل را انتخاب کرده سپس open image را کلیک کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس تصویر زیر را مشاهده خواهید کرد

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

در ادامه با توجه به شکل ها عمل کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

گزینه ها را مطابق با آنچه روی شکل تایین شده انتخاب نمائید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

با انتخاب finish به قسمت بعد کار خواهیم پرداخت

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس گزینه snake رو فعال کنید و یک محدوده برای فضای کارتان انتخاب کنید ، این محدوده همان خط چین هایی هستند که اطراف تصویر سی تی در شکل میبینید ضمنا توجه داشه باشید که شما میتوانید با حرکت دادن نشانگر موس و یک ابزار در قسمت سمت راست تصاویر در فضای تصاویر حرکت کنید و تمامی بخش ها را مشاهده کنید حتی با احیا یا دستکاری نوع نمایش بخش هایی را نادیده یا ظاهر کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

بعد از اینکه محدوده را تایین کردید گزینه segment 3D را انتخاب کنید 

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس به مرحله اول کار وارد میشوید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

در این بخش در چند حالت مختلف نحوه نمایش و توانایی های گزینشی این برنامه را در تصاویر زیر نمایش میدهم البته کاربر برحسب نوع نیازمندی میتواند گزینش مناسبی داشته باشد

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

دوباره برمیگردیم به تصویر اولی که داشتیم در این قسمت میتوانید استانه را تغییر دهید و بخش هایی را که لازم ندارید محو کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

اگر توجه کرده باشید قبلا گفتم که میتوانید جای جای تصویر سی تی را با گزینه ای در قسمت سمت راست پنجره مشاهده کنید در تصویر زیر مشخص شده 

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس با انتخاب next به مرحله بعدی خواهیم رفت

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

در این قسمت شما باید با استفاده از کروسور موس روی بخش هایی که تمایل دارید بصورت سه بعدی تبدیل شوند کلیک کنید و نشانگر را روی هر بخش با استفاده از موس ببرید و سپس add bubble at cursor را انتخاب نمایید توجه داشته باشید که در سه بعد میبایستی این حباب ها را قرار دهید

برای دقت در این امر هم میتوانید شعاع این حباب ها را تغییر دهید

برای مشاهده تصویر  بزرگتر کلیک کنید

اگر حبابی را اشتباه وارد کردید از جدول کنار سمت راست میتوانید ان را گزینش و حذف کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس با انتخاب Next به مرحله پایانی وارد میشویم

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

در صورتی که تمام بخش های مورد نظر را انتخاب کرده اید میتوانید Finish را انتخاب کنید

در این بخش میتوانید پیش نمایشی 3 بعدی را از این گزینش ها را در پنجره پایین سمت چپ با انتخاب ایکون گزینه play و سپس pause ان و کلیک کردن روی update پایین همان پنجره نمای سه بعدی رو ببینید 

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس برای ذخیره فایل طبق شکل زیر عمل کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

از منوی بالا segmentation را انتخاب کنید سپس export as surface mesh را گزینش کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس Finish را انتخاب نمایید و فایل ذخیره خواهد شد دقت کنید گزینه ها مطابق شکل انتخاب شده باشند

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

سپس برنامه MeshLab را اجرا کنید 

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

در نهایت تصویر زیر  را خواهیم دید / البته بدلیل اینکه تمام بخش ها را گزینش نکرده بودم تصویر ناقص نشان داده میشود اما اگر بخش خاصی را انتخاب و ان را تماما گزینش کنید ان عضو یا اندام تماما بصورت 3 بعدی ترسیم خواهد شد

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

اما این پایان کار نیست شما میتوانید در همین برنامه که پایه و اساس مشبندی دارد ادامه دهید و یا اینکه در محیطی دیگر همانند Belender با این فایل کار کنید

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

البته در بلندر امکان تبدیلفایل سه بعدی به voxel وجود دارد منتها در ان بخش باید خروجی را برای کدهایی مثل mcnpx مهیا کرد

برای مشاهده تصویر بزرگتر کلیک کنید

با تشکر از توجه شما

علی اصغر محمدزاده

گروه پژوهشی افق امید نو